Органами выделения являются первичные почки — мезонефрос. Выводным протоком является парный вольфов канал, впадающий в клоаку.
Половая система
Хрящевые рыбы раздельнополые. У большинства имеются парные яичники и парные семенники. Оплодотворение внутреннее. Хрящевые рыбы живородящие, но есть виды, откладывающие яйца. При развитии эмбриона развивается «плацента».
Нервная система
Размеры головного мозга и всех его отделов возросли, связи между отделами усилились, строение их усложнилось. Обонятельные доли переднего мозга очень велики, и главная его функция по-прежнему заключается в восприятии химических раздражении. Мозжечок в связи с приспособлением хрящевых рыб (это в особенности касается акул) к продолжительному и быстрому плаванию и необходимостью поддерживать равновесие тела сильно увеличился. Усложнилось и строение спинного мозга, форма его в поперечном сечении, как у всех вышестоящих позвоночных, округлая, а не лентовидная, как у бесчелюстных.
Органы чувств
Все органы чувств усложнились. Обонятельные камеры парные. Сейсмосенсорные органы сосредоточены в каналах, идущих от головы к заднему концу тела. Размеры глаз увеличились, хрусталик шаровидный, но, как и у других рыб, дальность зрения незначительна; цвета хрящевые рыбы не различают. У лабиринта появился третий полукружный канал, лежащий в другой плоскости, нежели полукружные каналы у бесчелюстных, что содействует более точному восприятию изменения положения тела в пространстве.
Рыбы
Покровы тела
Образованы многослойным эпидермисом и дермой. В эпидермисе располагаются одноклеточные слизистые железы. Тело покрыто костной чешуей, производной дермы.
