Стенки глотки пронизаны многочисленными (около 100 пар) косорасположенными жаберными щелями. Они отделены друг от друга тонкими межжаберными перегородками, покрытыми реснитчатым эпителием. Вода через рот поступает в голову, проходит через жаберные щели в окружающую глотку околожаберную полость, которая защищает дыхательный аппарат от засорения частичками грунта. Ток воды создается движением выростов мерцательного органа и колебанием ресничек, покрывающих межжаберные перегородки.
Кровеносная система
Замкнутая. Представлена двумя крупными сосудами — спинным и брюшным — и капиллярами. Сердца нет. Течение крови осуществляется за счет сокращений брюшного сосуда. Гемоглобина нет, кровь бесцветна.
Выделительная система
Представлена многочисленными (до 90 пар) нефридиями, расположенными над глоткой. Почти вся нефридиальная трубка находится в полости тела — целоме, а конец открывается в околожаберную полость.
Нервная система
Центральная нервная система представлена продольной трубкой, внутренняя полость которой называется невроцелем. При развитии ланцетника полость нервной трубки сообщается с наружной средой посредством отверстия — невропора. У взрослых особей этого сообщения нет, а на месте невропора остается углубление, носящее название обонятельной ямки.
В стенках головного отдела есть скопления особых ганглионарных клеток, а в передней части расположено пигментное пятно (непарный «глазок»). Его функция не выяснена.
Периферическая нервная система представлена нервами, отходящими от нервной трубки в каждом сегменте двумя парами (левая и правая) — спинным и брюшным. Спинные нервы в функциональном отношении являются смешанными — двигательно-чувствительными. Брюшные — чисто двигательные. Спинные и брюшные ветви нервов у ланцетника не связаны между собой.
Органы чувств
Механические (тактильные) ощущения воспринимаются нервными окончаниями в поверхностном слое кожи. Там же располагаются нервные клетки, воспринимающие химические раздражения. В нервной трубке расположены светочувствительные клетки — глазки Гессе.
Покровы тела
Кожа состоит из многослойного эпидермиса с многочисленными железистыми клетками и кориума (рис. 1). В кориуме образуется вещество, близкое к дентину зубов млекопитающих, которое является основой для чешуи. Зубец чешуи, находящийся на поверхности, покрыт эмалью, которую образует одноименная железа эпидермиса. Чешуя покрывает все тело. По краям ротовой полости чешуя заходит на челюсти. Здесь она крупнее и выполняет функции зубов.