Представлен скелетами головы, туловища, парных и непарных конечностей. Череп содержит мозговой и висцеральный отделы. Висцеральный отдел состоит из челюстной и подъязычной дуг, которые образуют челюстной аппарат рыб. Жаберные дуги являются опорой для жаберного аппарата.Осевой скелет представлен позвоночником, имеющим два отдела: туловищный и хвостовой. Почти полностью окостеневает. Позвоночник состоит из позвонков. Между позвонками сохраняются остатки хорды. Над телами позвонков верхние дуги срастаются, образуя спинномозговой канал. От нижних дуг отходят поперечные отростки, к которым прикрепляются ребра. Скелет каждого из парных плавников — грудных и брюшных — состоит из пояса и скелета свободной конечности. Различают плечевой и тазовый пояса. Пояс служит опорой для лучей плавников и лежит в корпусе тела. Грудные плавники сочленяются с плечевым поясом, брюшные — с тазовым.Мышечная система сохраняет сегментарное строение, но в отличие от ланцетника более разнообразна. Хорошо развиты мышцы челюстей, плавников, жаберных дуг.
